تهدف وزارة الصحة العامة إلى تحقيق العديد من الأهداف من أهمها:

- وضع الإستراتيجية الوطنية للرعاية الصحية في الدولة في ضوء رؤية قطر الوطنية.

- وضع سياسات و إستراتيجيات الرعاية الصحية، و الخطط و البرامج المنبثقة عنها، و نظم الرقابة و المتابعة اللازمة لتنفيذ الإستراتيجية الصحية ككل.

تعمل وزارة الصحة العامة وفقاً لعدد من المبادئ من أهمها:

- التركيز على الإنسان لأنه يعتبر رضا المريض هدفاً في حد ذاته.

- التركيز على الصحة و العافية بشقيها الجسدي و النفسي.

- انتهاج سياسة مالية حكيمة فيما يتصل بالصرف على الصحة و الحرص على تحقيق أفضل النتائج مقابل ما يصرف على هذا القطاع الحيوي